多肽核酸，吗啉核酸和相关的反义生物分子 《Peptide Nucleic Acids, Morpholinos and Related Antisense Biomolecules》

简评

    PNA即多肽核酸，是核酸的一种类似物，与核酸最主要的区别为其骨架是肽键，而不是核酸的磷酸二酯键骨架，在肽键骨架上连有相应的碱基，这一基本结构提供了许多让分子生物学研究工作者感兴趣的特征。如：热稳定性高、高特异性地与靶分子结合、和挤入含有互补配对碱基区的双链DNA形成三链复合结构、对核酸酶和蛋白酶均不敏感。如果结合现在出现的多种反义物，PNA和其它一些衍生出的寡核苷分子将可能在诊断和治疗领域大显身手。至少它们在实验室中已显得具有巨大的潜力。
    本书分为两部分。第一部分有8章，列举多种用于基因抑制和基因标记的多种核酸类似物。包括标准修饰的DNA寡核酸、多肽核酸、锚定核酸、吗啉寡核酸和小干涉核酸。PNA由于自身的特性，在需要高稳定性、特异性和对核酸酶耐性的基因诊疗中受到好评。而其它的核酸类似物对体内的基因抑制疗法也有效，但优缺点并存。第二部分有10章，展望PNA和相关反义生物分子的医疗应用前景，如抗肿瘤和抗爱滋疗法、基因激活、基因修复等。

固态核磁共振光谱仪 《NMR Spectroscopy of Biological Solids》

简评
    在分析化学、生物工程、材料科学和结构基因组学等领域，固态核磁共振光谱仪（SSNMR）可以显现出许多重要的生物物质的高分辨结构，包括病毒、多肽、丝、胶原、细胞壁，甚至是包埋在细胞膜中的脂类、胆固醇、蛋白和碳水化合物。本书为专门介绍SSNMR的原理，使用方法及应用领域的书
    全书分两部分。第一部分：SSNMR并没有对分子大小和振动率的限制，故它可用于任何的各向异性系统，如单晶、多晶、非晶和半固体。并且它能精确测量各向异性力，如化学移动各向异性、两级、四级配对。这意味着可以得到分子的很多重要信息，包括化学键、分子形态和分布、全球分子动力、分子折叠和分子间力。而且由一个材料的同向和异向力可以推测出生物分子在非溶解状态的高分辨结构，从而直接描绘蛋白在微晶状态的三维结构。第二部分：介绍NMR在阵列系统中的应用。NMR可以籍由探知分子的排列而得出高分辨的谱带。多维NMR被用来分析双脂膜中蛋白的拓扑结构，这不但帮助我们知道蛋白在膜中的折叠情况，还能预测蛋白损伤引起的细胞膜损伤的程度。

亚细胞定向和酶激活中的磷酸肌醇 《Phosphoinositrides in Subcellular Targeting and Enzyme Activation》
简评
　　免疫系统的细胞可由多种刺激激活，这些刺激可能来自于其它细胞群、摄入的外来物或侵入的微生物。激活的一个主要反应就是细胞内信号复合体的瞬时凝聚，由它们引起细胞应答，包括调节基因转录、细胞迁移或细胞吞噬。有些信号复合体凝聚于细胞质或核膜，但绝大多数的凝聚发生在细胞膜。很明显，细胞存在着一种机制，能使细胞质中的蛋白迅速又是可逆地转移到特定地细胞中的膜结构，如质膜、吞噬泡或核内体。这一机制中主要涉及蛋白－蛋白互作和脂－蛋白互作。尤其是由磷脂酰肌醇磷酸化生成的磷酸肌醇主导着在正确的膜位置激活正确的蛋白。本书的焦点就在于磷酸肌醇介导的蛋白入膜机制。
　　细胞生物学和生物信息学的研究者已发现几个保守的蛋白结构域，如PH、FYVE、ENTH和PX域，这些结构域赋予蛋白结合特定磷酸肌醇的能力，从而能被导向特定的膜。接下来的工作将是揭示这类整合作用如何调控受体信号、膜的转运、核骨架功能、趋化性等一系列维持免疫系统运转的机理。一旦人们了解了介导蛋白定位的磷酸肌醇的作用，磷酸肌醇的一个新作用也许会出现在细胞核内，膜双分子层外发现了几种磷酸肌醇，越来越多的证据显示这些核磷酸肌醇与调节多酶功能如染色质折叠和前体mRNA转录密切相关。

基因组学和蛋白质组学中的数据挖掘 《Foudamentals of Data Mining in Genomics and Protecomics》

简评　    

    随着芯片、微珠、微流控、质谱等高通量技术在基因组学和蛋白质组学中的普及，传统统计学已很难有效率的处理获得的海量数据。计算机辅助的数据挖掘、机器学习、人工智能、可视化技术、网络服务等新方法应运而生。而本书是为了沟通生物学和数据分析学间的隔阂。
    本书分为12章，以案例形式编排。第一章介绍各种基本概念，第二章是在微阵列技术的背景下介绍重复性、封阻、随机性等概念，第三章阐述cDNA和寡核苷酸微阵列的数据预处理，包括背景强度校正、数据转化和标准化、基因表达水平数据在不同阵列间的兼容。第四章阐述高通量质谱的数据预处理，包括基准线校正、强度标准化、信号去噪、抽提峰和谱间比对。第五章阐述质谱数据的可视化处理，将数据以多维图像的形式呈现出来。第六章讲聚类方法和策略。第七章讲述多维数据的特征选择，特征权重和降维策略，评估特征数据的代表性。第八章介绍各种重采样策略，包括N-Fold交叉验证、留一法交叉验证和重复扣留法。第九章讨论支持向量机在质谱数据分类中的应用。第十章讲述基因组学和蛋白质组学中的图表和网络。第十一章讲基因组学的时间序列分析，该方法可以找到免疫系统病毒的突变，预测复方抗病毒药物的效果。第十二章讲述在海量文本资料中提取有用数据的方法。

植物通讯 《Communication in Plants》
简评
    进入新千年以来，人们开始认识到植物行为具有高度的复杂性，甚至可以用具有“智慧”来形容。植物能够区分各种生命体：细菌、真菌、其他植物、昆虫、鸟类和动物，也许还有我们人类。例如：植物的有性生殖器官仅能允许特定的昆虫或鸟类进入，并为他们提供必需的养分；很多植物能够释放出类似外激素的化学物质吸引昆虫；植物的免疫系统和生殖隔离机制与动物有颇多类似；植物能“驯化”和“饲养”根瘤菌和蚂蚁等以获得养分和防御攻击；植物采用类似神经细胞通讯的乙酰胆碱进行细胞通讯。
    植物是极端敏感的生物传感器，不断伸出根和卷须感受外界的变化，寻找更好的生活环境。植物的根与真菌非常相似，常与其共生在一起以提高获得养分的效率。或者根就是古代真菌与植物祖先融和在一起的产物。由于植物不能运动和利用声音通讯，长久以来被认为是生物界中的被动者。但随着生态学和现象学的发展，这种偏见开始被扭转。虽然植物中的电现象早为人知，但直到发现光合作用和趋光性中的电信号，植物突触等现象后“植物神经生物学”这一概念才开始被接受。本书列举了大量新发现的植物类神经系统现象并用经典的植物电化学整合，提出了植物神经生物学的新概念，探讨了植物具有“感觉”和“记忆”的可能性。