基因表达的序列分析《SAGE》

简评

    基因组研究的主要目的之一就是确定所有基因在生命中的功能，为了达到这一目的，定量和定性地测量细胞中基因产物的表达，就显得格外重要。考察基因组中基因表达活性的一个方法就是测量转录本。传统的技术主要分三类：1，杂交技术。包括Northern杂交、点杂交、RNA原位杂交和RNA酶检测等；2，PCR定量技术。包括量化和半量化的RT－PCR和实时PCR等；3，电泳技术。包括差异显示、2D电泳等。现代分子生物学技术能够使研究者判断转录本的质和量，诸如EST库、cDNA和寡核苷芯片、SAGE和MPSS等新技术能分析大样本、高通量、全基因组水平的转录本。其中，基因表达的序列分析（SAGE）有其独特的优势。
    通过辨认转录本中的一个短标签序列和收集大量的这种标签，SAGE可度量基因组水平的基因表达情况。相比于EST，SAGE更灵敏，它不需差减或标准化就可检测较低丰度的转录本。作为一个开放系统，SAGE适用于各种高丰度、低丰度、选择拼接、反义或新转录本。当然，SAGE也有缺点。比如，建立SAGE文库需要高投入的标签收集，代表基因的标签特异性较小，分析数据需繁琐的统计，基因的注释标签复杂。

噬菌作用的分子机制《Molecular Mechanisms of Phagocytosis》

简评
    噬菌作用是指细胞把外源大颗粒吞入细胞并降解的过程，它广泛存在于生物界。单细胞生物以此摄取食物；多细胞动物体内的吞噬细胞构成一种防御外源物侵入的体系。虽然噬菌作用在十八世纪后期就由俄罗斯科学家Metchnikoff观察到并作了描述，然而接下来的一百多年关于噬菌作用的更深入研究却一直没有多大进展。这实在是因为噬菌作用是一个相当复杂的过程，了解它需要太多的前沿知识。即便如此，本书把近年来关于噬菌作用这一重要细胞功能的信息收集到一起，还是能帮助研究者理清噬菌过程中的一些环节。
   本书描述了噬菌过程的各个阶段，并重点关注参与各阶段的生物分子。从细胞接触，到摄入外源颗粒，最后到形成吞噬体把外源颗粒消化。全书共分10章。1，噬菌信号的多样化。2，免疫系统的噬菌作用。3 & 4，Fc受体、抗体和补体的受体。5，噬菌作用控制调节的复杂化。6，噬菌作用中促使细胞骨架改变的GTP酶。7，噬菌作用中的负调控因子FcRIIb和磷酸酶。8，参与激活噬菌作用和重塑细胞膜的磷脂酶。9，噬菌作用中的钙离子信号。10，吞噬体的形成过程。

蛋白质组学中的质谱数据分析《Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics》
简评
　　在蛋白质组学研究兴起的现在，关于实验方法的介绍铺天盖地，而关于数据分析的相关理论和实践经验的介绍则少得可怜。况且，蛋白质研究中的主要手段之一――质谱分析是门产生高通量数据的技术，它需要高效的运算法则来帮助处理数据。本书旨在帮助研究人员根据不同的需要选择合适的数据处理程序，它对多种程序的参数进行了详细准确的说明，把重点放在了分析数据的常规步骤上。
    本书首先介绍质谱分析数据的格式类型，接着如何把原始数据转换成搜索引擎能识别的格式。通常序列搜索会来自几个数据库，比如预测基因的数据会来自于基因组序列、EST和蛋白序列。当从基因组序列搜索基因时，需要考虑外显子的准确性。当从EST搜索时，需要当心移码。当从蛋白序列搜索时，需要想到潜在信号肽的可能。本书不但提供序列数据库，还教导读者如何把EST收入数据库并把它转换成能被搜索到的格式。蛋白质组学中，有超过200种的氨基酸修饰。搜索目标的不确定性越高，搜索就越麻烦，这时数据的准确性就显得格外重要。在蛋白质组学中，数量性状是一个重要指标。蛋白的相对量在过去是用二维电泳结果反映的。现在，研究者把肽链标记上同位素，根据放射自显影图像来估计蛋白的相对量，较二维电泳方便许多。

基因组研究手册《Handbook of Genome Research》

简评　    

    过去十五年中，生命科学经历了翻天覆地的变化。1995年，第一个微生物基因组测序工作的完成，就推动了一系列研究的进展。现在我们有几百个基因组计划等着实行。虽然测序工作对如今的研究者来说已毫无难度，但人们本期望的通过测序就能绘出生命蓝图的愿望恐怕不那么容易实现。基因表达模式和蛋白功能的组合可不是能从碱基链直接看出来的，解开生命之谜还有很长的路要走。基因组学、蛋白质组学、代谢组学等研究领域，把各个独立事件综合考虑，这些学科的兴起表示人们对生命有了新的认识。
    本书是关于基因组学的手册，分为五个部分。1，重要的生物。主要的基因组计划对象包括几种模式生物、微生物、几种植物，当然还有人，对它们的研究已有一些成果。2，基因组学和蛋白质组学技术。有一些新兴技术可探察基因组的结构、基因表达模式、蛋白组成和蛋白的转录后修饰。3，生物信息学。大样本的实验产生大量数据，对它们的处理分析需要生物信息学。核酸和蛋白数据库的建立和数据积累，给研究者提供了数据支持和实验策略指导。4，伦理、法律和社会问题。生命科学研究的是人和构成人类生存环境的动植物，这是每个人都会接触到的事件。尤其是涉及到人时，还有许多存在伦理争议的研究项目，必须小心行事。5，展望。

鱼类细胞遗传学《Fish Cytogenetics》
简评
    脊椎动物中，鱼类分布最广、种类最多，具有多种多样的生物学特性和重大的经济价值，对于鱼类的研究一直不断。其中鱼类细胞遗传学已成为鱼类系统和进化、鱼类资源保护、渔业养殖、鱼类基因组学研究的重要工具。分子生物学技术的引入，尤其是荧光原位杂交技术的出现，给鱼类细胞遗传学研究带来了新的动力。
    本书分为四个部分。1，系统和进化。从近缘和远缘鱼种的染色体结构对比中，我们可以看出进化或分化关系。细胞分类学与形态分类和分子标记分类成为分类学的三大依据。2，鱼类生物多样性的保护。由于鱼类生活在流动的水环境中，一旦水域遭到破坏或污染，给相应水域中的鱼类带来的影响其强度和持续时间要远超过陆地动物。随着近百年海洋和淡水流域的环境恶化，许多鱼类已经绝种，还有许多处于濒危的境地，回复自然环境刻不容缓。3，渔业。鱼类是人类重要的食物来源，但过度的捕捞使得自然繁殖的鱼类数量越来越少。用遗传学方法杂交出生长速度快、繁殖能力强的新品种，将是解决这一问题的有效方法。4，基因组学。基因组学是现在生命科学研究的主攻方向，但其中许多问题的解决还需要细胞遗传学帮助。把基因组计划得到的序列信息对应到染色体结构上，正是细胞基因组学的任务。