由加拿大 Carleton 大学 C. Stain Tsai 博士主编的《计算生物化学简介》( An Introduction to Computational Biochemistry )一书, 2002 年由著名的科技文献出版社―― Wiley-Liss 出版社出版。本书为那些掌握了计算机的基本知识,需要进行生物信息学分析的学生、科研工作者提供了一本不可多得的好教材。
生命科学、信息科学无疑是当今蓬勃发展最快的学科。生物学的飞速发展,生物学家积累了大量的有关生物分子的原始数据,这些数据需要综合利用数学、物理学、信息科学等的方法进行处理和分析,这需要多学科的交叉工作。但是,实际情况是,我们有时候可能只对分析结果感兴趣,不需要深究其中的编程、算法、模型等等,本书正是为一些终端使用者提供了这方面的手册。本书的作者同时担任 Carleton 大学计算生物化学的主讲教师,不仅对此领域熟稔于心,也是深谙教育之道,从本书的结构和内容就可以看出来。在前 4 章介绍了生化数据的分析管理、基本的统计学和计算机知识后,逐渐阐述了信息技术在生化动力学、基因组学、蛋白质组学、系统发育、分子模型等方面的具体应用,由浅入深、由表及里,深入浅出。
此外,本书还有以下特色:
1 .介绍了基本的生化原理,描述了生物大分子机构、酶反应动力学、代谢模拟、基因组、蛋白质组、系统发育、分子模型的概念和应用。
2 .介绍了众多当今生物学分析中主流软件,并且在附录中提供了下载地址,也收录了很多专业数据库网址。
3 .图文并茂,每篇的关键之处,都有插图或表格分析阐述。
4 .章末都附有方便读者自检学习效果的思考问题,既适合于自学也非常适合作教学使用。
5 .每章后面都有大量的参考文献,便于我们查询更多的背景知识。
本书主要目次
1. 简介
1.1 生物化学:在分子水平上研究生命
1.2 计算机科学和计算科学
1.3 计算生物化学:计算机技术在生物化学中的应用
2 .生物化学数据:分析和管理
2.1 生化数据的统计学分析
2.2 运用电子数据表分析生化数据
2.3 运用工作站对生化数据管理
3 .生化数据资源:网上资源
3.1 Internet 简介
3.2 网上生化数据资源
3.3 数据的获取
4. 分子构象图:生物分子的可视化
4.1 计算机图形学简介
4.2 分子结构的表示方法
4.3 分子结构的表示和显示
5. 生物化学化合物:结构和分析
5.1 生物分子概观
5.2 生物分子结构的描述
5.3 生物分子数据库的查询
6. 生化动力学:生物分子相互作用
6.1 生物大分子:配体相互作用
6.2 受体生物化学和信号转导
6.3 结合数据库和受体数据库的查询
7. 生化动力学:酶动力学
7.1 酶简介
7.2 酶反应动力学
7.3 酶数据库的查询和分析
8. 生化动力学:代谢模拟
8.1 代谢简介
8.2 代谢调控分析
8.3 代谢数据库和模拟
9. 基因组学:核酸序列和重组 DNA
9.1 基因组、 DNA 序列、遗传
9.2 重组 DNA 技术
9.3 核酸序列分析
10. 基因组学:鉴别基因
10.1 基因组信息和特征
10.2 鉴别基因的方法
10.3 在网上鉴别基因
11. 蛋白质组学:蛋白质序列分析
11.1 蛋白质序列:信息和特征
11.2 数据库查询和序列比对
11.3 在网上进行蛋白质分析
12. 蛋白质组学:蛋白质结构的预测
12.1 从许类预测蛋白质的二级结构
12.2 蛋白质折叠和功能区
12.3 在网上分析蛋白质结构和功能
13. 系统发生分析
13.1 系统发生的要素
13.2 系统发生分析的方法
13.3 序列比对分析系统发生
14. 分子模型:分子力学
15. 分子模型:蛋白质模型 (武汉大学生命科学学院 项 方)