您现在的位置:首页-->教学研究-->其他相关教材评介

系统生物学的挑战:

利用生物复杂性的团体努力

——The challenges of systems biologycommunity efforts to harness biological complexity,volume 1158

作者:Gustavo Stolovitzky

      Pascal Kahlem

      Andrea Califano

出版:published by Blackwel Publishing on behalf of the new york Academy of sciences

索书号:Q111-532/D771/2007

藏书地点: 武大外教中心

 

    本书是有关系统生物学学术文献的合集,适合于此领域的专业学者和具有此专业知识的学生阅读。

本书是纽约科学院年鉴第1158卷。本卷书是关于逆向工程评估和方法(SREAM2)挑战第二次讨论的结果,构成了2007年7月到10月系统生物学协会。这个DREAM2会议在2007年12月3日-4日两天举行,地点在纽约市纽约科学院;ENFIN-DREAM会议就系统生物学计算方法的评估在西班牙马德里举行,时间是2008年4月28日-29日。

过去十年的生物技术的发展已经改变了生物研究前景。我们日常机会遭遇到如同洪水般的数据,这些数据主要来自我们在全基因组时尚的分子水平的检测细胞内活动方面的能力。能提供合理一致的生物图片的组织和构建信息的任务是极其令人兴奋的又真实地让人畏惧。构建生物信息的数学的出现在整合大量变化的数据类型时已经变成非常有用的一步,并且大量增加的生物信息方法在这些系统中已经被发展成发现出现的生物特征。成百的生物信息运算法则被用来处理生物问题;这些仍然是一个问题。许多团体的努力已经出现从事于随后的复杂性,有关数据分析,建模,试验设计和生物技术实验室实验,这些没有单一的实验室能单独完成。本卷书给出一些在两个团体的努力下的工作快照:ENFIN (精益求精的欧洲网络)和DREAM工程。

ENFIN发展基础设施,工具和方法来增强在欧洲的整合系统生物学。它主要从事三个领域的研究:离散分子实体的功能预测(例如蛋白质或蛋白质家族);网络构建:系统建模。ENFIN网络的一个概念是纯计算机实验室和生物技术实验室的强力联合,也就是计算机预测和实验证实的数据的一致。虽然生物技术实验室习惯于验证计算机预测,但是他们很少评估计算方法,由于有限的规模、技术和资源。在系统生物学中被增长的可利用的生物信息学工具的激发,和ENFIN组织联系的研究人员正在发展评估计算预测精度的策略。

这个DREAM是一个首创的工程,设计的目的在于填平计算生物预算法则和生物知识的空隙。传递途径的缺失环节是有计算工具产生的高通量假说的实验证据的相关缺乏。这并不是说高通量技术不能产生对这些预测的额外的实验支持。然而,实验生物学家并不热衷于投资金钱和努力来证实大量的计算预测,部分地是因为这些预测方法仍然受到社会的怀疑。因此,当ENFIN基金连接工程循环在计算预测和实验验证之间时,DREAM渴望在模型中形成一个自我评价方法论,尤其在分子相互作用网络中,这些模型来自具有明确数量意义的的精确预测的数据推断。

本书的章节是从先前提到的会议上大量提交的文章中选出的,这些文章被区别不同项目的会议且在一个同辈评论过程中得出在DREAM2和ENFIN-DREAM会议中的一些最突出的话题的内容。本卷被分为两部分。第一部分从ENFIN-DREAM会议上选出两篇文章,接下来是选自DREAM2会议上的提交的文章,它们主要讨论分析转录、传信号和代谢途径的数学和法则技术。本部分的最后文章提供了在逆向工程生物网络中艺术状态的讨论,包括它的理论、方法和工具。本卷的第二部分专门讲DREAM2的挑战。第二部分的第一篇文章描述五个DREAM2的挑战和提供我们接收的对于挑战的反应的超过100篇投递文章的对比研究。第二部分余下来的文献形成了本卷剩下来的核心内容,记录最好的表现团队和讨论他们最好的策略。

本书特色:本卷是文献的合集,是一本关于计算预测和实验技术的书,是一本生物技术和数据处理的很前沿的书,适合生物学专业人士阅读。另外本书是会议的结晶,文献的安排比较集中,有利于比较理解。

本书目录

第一部分 来自ENFIN-DREAM结合会议的学术文章

         来自DREAM2会议的学术文章

第二部分 来自DREAM2挑战的更好文章

 

(武汉大学生命科学学院研究生 秦克周)