-----Protein Networks and Pathway
Analysis
作 者：Yuri Nikolsky, Julie Bryant
出 版：科学出版社
索 书 号：Q51/P967x/2013/Y
蛋白质（protein）形式生物功能的重要大分子，它是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者，没有蛋白质就没有生命。氨基酸是蛋白质的基本组成单位。机体中的每一个细胞和所有重要组成部分都有蛋白质参与。蛋白质占人体重量的16%~20%，即一个60kg重的成年人其体内约有蛋白质9.6~12kg。人体内蛋白质的种类很多，性质、功能各异，但都是由20多种氨基酸（Amino acid）按不同比例组合而成的，并在体内不断进行代谢与更新。随着生命科学进入“组学”发展的新纪元，科学研究开始趋向对复杂的基因组水平的分析进行简化，以理解隐藏于繁冗数据之下的生物学本质。在《蛋白质网络与途径分析》这本书中，经验丰富的专家们提供了一系列功能数据分析的方法，也就是人们通常说的“系统生物学”，及其在药物研发、医学和基础疾病研究中的应用。本书的目录和前言已经译成中文，正文部分保留英文原版。作为非常著名的《分子生物学方法》系列丛书之一，本书提供了详细的说明，并且为动手实践提供了建议。
《蛋白质网络与途径分析》一书于2013年由科学出版社出版，作者是Yuri Nikolsky和Julie Bryant。本书的作者Yuri
Nikolsky博士，是GeneGo公司总裁，在生命科学领域有着数十年的工作经验。在进入GeneGo公司之前，Yuri
Nikolsky曾担任ChemDiv公司的总裁。在此之前，他与其他研究人员共同创立了Intergrated Genomics公司，并担任该公司业务发展部副总裁。Nikolsky博士还是Thermogen公司的资深科学家，拥有多年的研究和工作经历使他对蛋白质、小分子化合物等大量“组学”数据的分析方法有着独特的见解和丰富的经验。本书分为三部分，首先是对对蛋白质、化合物和基因之间相互作用的阐述，然后介绍了网络、相互作用组和本体论研究中常用的分析工具，最后介绍了函数分析的应用范围。本书内容充实，提供了易于操作的实验方案和建议，既介绍了生物技术实验室的实验方法，也介绍了计算工具，从而涵盖这一新兴领域的多个方面。
《蛋白质网络与途径分析》一书共有20章，一共可以分为三个部分阅读。第一部分包括第1章到第5章，主要阐明了蛋白质、化合物和基因间的相互作用以及蛋白质相互作用的手工注释；第二部分包括第6章到第14章，这一部分是关于函数分析的专业工具的介绍，包括PANTHER和Cytoscape等，并对复杂的、多数据类型及多工具分析提供了相关解决的方案；第三部分是第15章到第20章，介绍了函数分析的应用，例如在高通量siRNA筛选、miRNA、疾病方向生物信息学分析、转化医学和生物信息、高密度等位基因相关数据的网络好途经分析等方面的应用。
《蛋白质网络与途径分析》一书作为系统生物学和函数分析的专业读物，内容饱满详实，语言浅显易懂，除此之外，还包括一些其他的特点：
1、本书来自于欧美的学术领域、政府研究机构、医药产业和生物信息学公司的一线从业人员撰写，内容具有专业性、权威性和前沿性，全面广泛地介绍了系统生物学实验和函数数据分析的具体分析方法。
2、本书中每个章节从摘要、背景介绍、材料设备、方法步骤、分析解释到参考文献一应俱全，尤其是实验操作方面，从实验设计、执行到结果分析，研究人员可以参照书中步骤完成，这对于初学者来说具有很好的指导作用。
3、本书每个章节中配备大量精美图片，例如在软件的介绍中，附有软件操作界面的照片，这些插图不仅有利于研究人员参考学习，同时还可以激发读者的的兴趣或者为想要了解这门学科的人员提供入门知识。
总的说来，《蛋白质网络与途径分析》一书通过理论结合实践的讲述来帮助研究人员快速地学习和掌握“组学”实验方法和数据分析技术，快速找到合适的解决方案，这对“组学”研究人员来说是一本重要而且使用的参考教材。
本书目录：
前言
撰稿人
第一部分：相互作用
1.用Linguamatics公司研发的12E软件从发表的文献中挖掘蛋白质相互作用
2.基因组规模实验中转录因子与DNA结合的相对亲和力、特异性和敏感度
3.抑制因子-靶标数据的管理：步骤和在途径分析上的作用
4.用功能蛋白质芯片描绘蛋白质相互作用网络
5.蛋白质相互作用的手工注释
第二部分：分析
6.基因集富集分析
7.PANTHER途径：一个整合了数据分析工具且基于本体的途径数据库
8.采用网络分析优化排序影响途径的基因
9.从多样的功能基因组数据中发掘生物学网络
10.在基于知识的集成平台上对组学数据及小分子化合物的函数分析
11.动力学模型作为一种整合多层次动态实验数据的工具
12.Cytoscape：用于网络建模的一个基于社区的框架
13.用语义数据集成和知识管理表示生物网络相关性
14.复杂的、多数据类型及多工具分析的解决方案：运用工作流程与流水线方法的原则及应用
第三部分：应用
15.高通量siRNA筛选结合化合物筛选作为一种干扰生物系统以及识别目标途径的方法
16.用高密度等位基因关联数据进行途径和网络的分析
17.miRNAs：从生物起源到网络
18.MetaMiner(CF)：疾病导向的生物信息学分析环境
19.转化研究与生物医学信息学
20.ArrayTrack：一个美国食品及药物管理局(FDA)和公共基因组工具
索引
（武汉大学生命科学学院研究生 李丛）